El cultivo de tomate en Colombia utiliza gran cantidad de agroquímicos. Un alto porcentaje de los costos de producción está relacionado con la compra y aplicación de insumos, entre ellos los agroquímicos, productos que los tomateros usan de una manera excesiva y que, además de encarecer los costos de producción, causan serios disturbios al medio ambiente y a la salud de los consumidores y de los mismos productores.
Desde el punto de vista de sanidad vegetal, el empleo excesivo de plaguicidas y su aplicación tipo calendario rompen el equilibrio biológico y destruyen los insectos benéficos. Muchas de las especies dañinas de plagas de importancia secundaria se tornan primarias ante la presión de plaguicidas.
No rotar los cultivos, no eliminar los residuos de cosecha, usar en forma indiscriminada
agroquímicos, no atender adecuadamente las múltiples labores que demanda el mantenimiento
del cultivo, desconocer el manejo del clima dentro del invernadero y los patógenos y plagas
que afectan el cultivo, y no aplicar prácticas agronómicas diferentes al empleo de plaguicidas
como única herramienta de control de plagas son, entre otras, las razones que hacen de este
sistema de producción un método altamente contaminante, donde se requiere con urgencia la
capacitación del productor en el manejo integrado del cultivo bajo invernadero, encaminado a la
aplicación y establecimiento de esquemas de buenas prácticas agrícolas que permitan asegurar
la inocuidad del producto y evitar daños al medio ambiente.
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